Menteri Dalam Negeri telah mengeluarkan Instruksi Menteri Dalam Negeri Nomor 13 Tahun 2021 dalam rangka perpanjangan pemberlakukan pembatasan kegiatan masyarakat (PPKM) berskala mikro oleh pemerintah terhitung sejak 14 hingga 28 Juni 2021. Dalam Instruksi Mendagri, terdapat beberapa ketentuan mengenai aturan bekerja dari rumah atau work from home (WFH): untuk daerah berzona kuning dan zona oranye Covid-19 dibatasi hanya sebesar 50% dan 50% WFO. Sedangkan, untuk daerah berzona merah Covid-19 diterapkan diterapkan sebesar 75% dan 25% lainnya WFO. Kegiatan WFO harus menerapkan protokol kesehatan secara lebih ketat. Sedangkan untuk pegawai yang WFH diminta untuk tidak melakukan mobilisasi ke daerah lain.
Untuk kegiatan pembelajaran tatap muka, daerah yang berzona kuning dan oranye dapat melaksanakan kegiatan belajar mengajar sesuai dengan pengaturan Kementerian Pendidikan dan Kebudayaan, Riset dan Teknologi dengan penerapan protokol kesehatan yang lebih ketat. Untuk daerah yang berzona merah diminta untuk tetap menerapkan sistem pembelajaran secara daring (online). Pembatasan juga diterapkan pada kegiatan lain seperti kegiatan di fasilitas umum diizinkan dibuka dengan pembatasan kapasitas maksimal 50% yang pengaturannya ditetapkan dengan peraturan daerah atau peraturan kepala daerah. Untuk kegiatan seni, sosial dan budaya yang dapat menimbulkan kerumunan diizinkan dibuka maksimal 25% dengan penerapan protokol kesehatan lebih ketat. Untuk transportasi umum dilakukan pengaturan kapasitas dan jam operasional oleh pemerintah daerah.
Melalui Inmendagri tersebut, Mendagri memerintahkan gubernur dan wali kota untuk tetap melakukan pemantauan, pengendalian, dan evaluasi pandemi di daerah masing-masing. Selain itu harus melakukan sosialisasi PPKM mikro kepada warga. Apabila terdapat pelanggaran, dilakukan pemberian sanksi sesuai dengan peraturan perundang-undangan. Gubernur dan wali kota juga diminta mengintensifkan penerapan 5M yakni memakai masker, mencuci tangan, menjaga jarak, menghindari kerumunan, dan mengurangi mobilitas. Selain itu harus menguatkan 3T atau testing, tracing, dan treatment.
Pemerintah daerah juga diminta untuk memaksimalkan fungsi posko penanganan Covid-19 yang ada di desa/kelurahan dan mengantisipasi potensi kerumunan yang mungkin terjadi selama PPKM di daerah masing-masing, baik yang berhubungan dengan kegiatan ekonomi, pasar, pusat perbelanjaan (mall), serta kegiatan yang berhubungan dengan keagamaan yang dapat melanggar protokol kesehatan Covid-19. Pembatasan juga dilakukan di tempat wisata atau taman dengan mewajibkan screening test antigen/GeNose untuk fasilitas berbayar atau lokasi wisata indoor. Sedangkan pada lokasi wisata outdoor diterapkan protokol kesehatan secara ketat.
Untuk daerah pada zona oranye dan merah, kegiatan masyarakat di fasilitas umum/tempat wisata/taman dilarang. Pengaturan lebih lanjut diserahkan ke pemerintah daerah. Apabila terdapat pelanggaran, dilakukan penegakan hukum dalam bentuk penutupan lokasi sesuai ketentuan peraturan perundang-undangan.